Le paysage marin des îles de Marseille est constitué de six habitats reconnus à l’échelle européenne, qui jouent chacun un rôle écologique important. Ils se répartissent en fonction du gradient de luminosité et de la profondeur. Le développement des activités littorales et maritimes peut être à l'origine de multiples perturbations.

 
 

La roche médiolittorale inférieure

Cet habitat est conditionné par la présence de vagues et des variations irrégulières de la pression atmosphérique et des vents. Il est principalement caractérisé par la présence d’algues encroûtantes et varie selon la nature du substrat et le niveau d’humidité. L’encorbellement (ou trottoir) à Lithophyllum lichenoides est le plus caractéristique des faciès de la roche médiolittorale inférieure. Ces trottoirs se forment à l’interface terre-mer, dans les zones battues par les vagues, à partir d’une algue rouge se calcifiant. Plusieurs siècles sont nécessaires pour qu’une telle formation atteigne 1 mètre de large.  
 
L’herbier à Posidonie (Posidonia oceanica)
La posidonie est une plante à fleurs endémique de Méditerranée. Elle constitue des herbiers qui peuvent se développer dès les premiers mètres sous la surface, jusqu’à 40 mètres de profondeur. L’herbier à Posidonie est considéré comme l’écosystème le plus important de la Méditerranée. Par la quantité d’oxygène qu’il produit, cet habitat joue le rôle de « poumon » de la Méditerranée et constitue un support, un abri, une zone de nurserie et de frayère pour de nombreuses espèces. En effet, plus de 400 espèces de végétaux et plusieurs milliers d’espèces animales, dont la grande nacre, y vivent. Il participe également à la stabilisation des fonds marins et permet de lutter contre l’érosion des plages. Cet habitat est considéré comme prioritaire au niveau européen.
L’herbier à posidonie est menacé par la pollution générale des eaux, les aménagements littoraux et les ancrages des plaisanciers sur les secteurs les plus fréquentés.
 
Le coralligène
Il est considéré comme un des habitats ayant la plus haute valeur écologique de Méditerranée. C’est un ensemble de constructions biologiques d’algues molles ou calcaires qui se présente sous forme de massifs de concrétions très anfractueux. Le coralligène se rencontre sur les parois rocheuses horizontales ou le long des tombants rocheux entre 20 et 70 mètres de profondeur. Cet habitat se situe dans des zones à courant, la vie y est donc très riche. Profitant du moindre interstice, corail, gorgones, éponges, poissons, crustacés ou encore vers se livrent une bataille pour l’espace et la lumière.
 
La biocénose des grottes semi-obscures
Cet habitat correspond à des tombants verticaux, des surplombs, des entrées de grottes et de tunnels. Les facteurs tels que la lumière et l’hydrodynamisme sont réduits et ne connaissent quasiment aucune variation. Les algues (du fait d’une luminosité très atténuée) et les herbivores sont quasiment absents de la biocénose des grottes semi-obscures. De nombreux crustacés (langouste, cigale, crevette cavernicole…), poissons (mostelle, corb, congre…) et plusieurs espèces de faune fixée (anémones, corail rouge, éponges, dentelle de Neptune…) sont caractéristiques de cet habitat. Ces milieux sont particulièrement fréquentés par les plongeurs car ils constituent des paysages de haute valeur esthétique grâce notamment aux vives couleurs de la faune qui s'y développe.