Sur terre
Chaque année près de 400 000 visiteurs par an débarquent sur le Frioul. La fréquentation de ce site d’une superficie de moins de 200 hectares n’est pas sans répercussion. La pratique de certaines activités qui, au premier abord paraissent anodines, peuvent être lourdes de conséquences sur la conservation des milieux et des espèces lorsqu’elles sont répétées par un grand nombre de visiteurs.
Sur ces îles, la présence d’une végétation rase et souvent méconnue favorise l’errance des promeneurs. Seules les secteurs très escarpée restent à abri de la fréquentation et constituent des zones refuges.
Une fréquentation terrestre anarchique sur les espaces naturels entraine le piétinement de la végétation y compris des espèces rares qui sont nombreuses sur les îles. Elle est également à l’origine de la création de sentes d’érosion qui deviennent de véritables cicatrices dans la végétation après ravinement lors des premiers orages. Cette fréquentation en dehors des sentiers aménagés et balisés peut aussi être la cause d’un dérangement de l’avifaune (oiseaux marins et rapaces), pouvant conduire à l’échec de la reproduction des espèces les plus sensibles et réduire les principales zones de nidification aux secteurs les plus retirés.
De même, la pratique du camping et du bivouac, malgré les interdictions existantes, est à l’origine du dérangement de la faune insulaire ainsi que de l’arrachage et du piétinement de la végétation lorsqu’elle s’accompagne de feux.

La présence de chats et chiens errants peut également causer des dégâts irrémédiables sur les colonies de reproduction des oiseaux marins : prédation des poussins et dérangement des adultes, pouvant compromettre rapidement la survie des populations.

En mer

La pratique de la plaisance et de la plongée peuvent avoir des conséquences directes sur la conservation du patrimoine naturel d’autant que les îles de Marseille, par la multiplicité des abris qu’elles recèlent, constituent des zones de mouillage très recherchées.
L’ancrage répété, sur ces sites très fréquentés, a des impacts sur les Herbiers à Posidonie ou sur le coralligène et les espèces remarquables associées telle la Grande nacre et la Gorgone pourpre.
Les activités marines côtières et les mouillages proches des sites de nidification de l’avifaune peuvent également engendrer un dérangement des espèces induit par la présence de plaisanciers ou de plongeurs et le bruit occasionné.
L’occupation quotidienne et concentrée de bateaux de plaisance sur certains secteurs très prisés, contribue à l’altération de la qualité des eaux.
Les eaux usées des stations d’épuration, l’absence de bacs de rétention sur les chantiers navals et d’équipements dans les ports sont autant de sources de micro-pollutions chroniques du milieu marin.