Le Rat noir
La présence du Rat noir (Rattus rattus) sur les îles est à l’origine de multiples perturbations sur l’écosystème. En effet, il s’avère être le principal consommateur de la flore et la faune insulaires.
Essentiellement végétarien, il consomme, sur les îles de Marseille, une cinquantaine d’espèces végétales dont certaines sont protégées telles que la Passerine tartonraire, le Plantain à feuille en alène ou le Lys des sables. Les jeunes plants et les fruits d’Olivier, de Chêne vert et de Pin d’Alep, font également parti de son régime alimentaire, compromettant le renouvellement de ces espèces.
La végétation nitrophile induite par la surabondance des goélands est néanmoins la principale source de nourriture pour les rats. Or, celle-ci n’est pas adaptée aux conditions de sécheresse extrême caractéristiques des îles de Marseille et se dessèche très tôt dans la saison (fin juin-début juillet). Principalement phytophage, le rat est assez opportuniste et peut, en cas de pénurie, devenir carnivore. Il est alors capable de modifier son régime alimentaire et d’exercer une forte pression de prédation sur les populations d’oiseaux marins que sont les Puffins et Océanites tempêtes. Cette prédation s’exerce aussi bien sur les œufs, les poussins, et les adultes (uniquement sur l’Océanite tempête) pouvant mettre en péril la survie des populations d’oiseaux marins.

Les Rats noirs peuvent également occasionner un important dérangement des oiseaux en entrant dans les terriers lors de la nidification.
Ils sont aussi des prédateurs potentiels du Phyllodactyle d’Europe.

Le Lapin de garenne

Le Lapin de garenne (Oryctolagus cuniculus), par consommation de certaines graines et plantules, peut être responsable de la raréfaction d’espèces végétales dont certaines bénéficient d’une protection. C’est notamment le cas sur les îles de Marseille pour la Coronille de Valence et de l’Epiaire à rameaux courts qui, sont aujourd’hui cantonnés aux falaises, secteurs peu accessibles constituant des refuges pour ces espèces. Enfin, sur les secteurs sablonneux, les lapins en creusant leur galerie, déterrent les bulbes de Lys des sables.
Le Lapin de garenne est également à l’origine de perturbations sur les colonies d’oiseaux marins. Une concurrence s'instaure entre ce mammifère et les puffins pour l’occupation des terriers. De plus, en creusant des galeries, le lapin peut provoquer l’effondrement de certains terriers de puffins. L’écrasement des œufs, des poussins ou tout simplement la perte du nid qui en découle peuvent alors conduire à l’échec de la reproduction.
Ces troubles peuvent également influer sur la reproduction future de ces oiseaux : la perte du nid est une des causes principales de « divorce » chez les procellariiformes, oiseaux chez lesquels la formation du couple dure plusieurs années. Un « divorce » signifie donc la recherche d’un nouveau partenaire au détriment de la reproduction.

Afin de limiter l’impact des populations de Lapin de garenne notamment sur les colonies de puffins deux types d’opérations sont réalisés :

• l’installation de terriers artificiels (lien vers page « actions ») pour les puffins afin de proposer des nids de substitution lorsque les nids étaient détruits par les lapins,
• une régulation des populations de Lapin de Garenne sur certains secteurs de l’île de Riou.

Les espèces végétales introduites

La présence d’espèces végétales introduites volontairement par l’homme, le plus souvent dans un but ornemental, est restreinte, sur les îles, aux abords des habitations et des bâtiments historiques.
Cependant, certaines espèces telles que le Figuier de Barbarie, l’Agave américaine ou la Luzerne arborescente, sont des espèces envahissantes qui se développent au détriment de la flore originelle. Il faut donc surveiller leur expansion et organiser l’arrachage lors de leur prolifération.