L’un des intérêts majeurs des archipels marseillais tient dans le fait qu’ils constituent un site d’importance primordiale pour la reproduction des oiseaux marins méditerranéens. Ils sont ainsi le seul site français abritant les trois espèces d’albatros présents en Méditerranée.
Les îles de Marseille accueillent également d’autres espèces, souvent rares et prestigieuses, qui utilisent les hautes falaises calcaires ou les buissons de lentisque et de romarin pour installer leur nid.

Ainsi, 16 espèces se reproduisent sur les archipels. Ce sont :
 
 

des espèces marines : Puffin cendré, Puffin yelkouan, Océanite tempête de Méditerranée, Cormoran huppé méditerranéen et Goéland leucophée,
des espèces rupestres : Faucon pèlerin, Faucon crécerelle, Chouette chevêche, Grand-duc d’Europe, Monticole bleu, Martinet pâle, Martinet à ventre blanc et Choucas des tours,
des espèces des garrigues : Rouge-queue noir, Fauvette mélanocéphale, Moineau domestique.

Ces espèces ont besoin de tranquillité pour assurer les impératifs de la reproduction. La fréquentation des sites et l’augmentation exponentielle des goélands sont à l’origine de multiples perturbations mettant en péril le maintien des populations d’oiseaux remarquables sur ces archipels.

des espèces de passage : situées sur un important couloir de migration, les îles de Marseille constituent également des sites de repos pour un grand nombre d’oiseaux au cours de leur voyage. Ainsi, plus de 200 espèces d’oiseaux ont été observées sur les îles où elles viennent hiverner, se reposer ou ne faire que passer…

Espèces marines

Le Cormoran huppé méditerranéen
(Phalacrocorax aristotelis desmarestii)
Contrairement à son cousin le Grand cormoran, ce petit oiseau au plumage noirâtre est exclusivement marin et fréquente les eaux côtières où il niche dans les falaises des îlots rocheux. Cette espèce endémique de Méditerranée, protégée au niveau européen, n’est présente sur les îles de Marseille que depuis 1999. Toutefois, avec ses cinq couples nicheurs, l’île de Riou représente le seul site de reproduction connu sur les côtes continentales françaises de Méditerranée pour cette espèce.
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Le Puffin cendré
(Calonectris diomedea diomedea)
Plus grand représentant de la famille des albatros nichant en Europe, cet oiseau de haute mer au plumage cendré et au bec jaune, ne fréquente les colonies de reproduction que la nuit et niche dans des terriers situés dans des failles, crevasses et autres cavités naturelles. Ce grand voilier hiverne en mer, au large de l’Afrique australe et ne revient sur les îles, que durant la période de reproduction. Le Puffin cendré, espèce protégée en France et en Europe, est présent sur les archipels de Riou et du Frioul.
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Le Puffin yelkouan
(Puffinus yelkouan)
Ce petit albatros, différenciable de son cousin cendré par un plumage plus sombre et un bec noir, fréquente les colonies uniquement la nuit. Les sites de reproduction, strictement insulaires, sont situés sur des falaises littorales où les couples nichent dans des terriers, fissures, sous des gros blocs rocheux ou dans de petites grottes. Endémique de Méditerranée, ce puffin extrêmement menacé et donc protégé au niveau européen se reproduit actuellement, en France, uniquement sur les îles provençales.
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Le Goéland leucophée
(Larus michahellis)
Oiseau marin côtier, bien plus grand que ses cousines les mouettes et reconnaissable à ces pattes et son bec jaune, le « gabian » niche à terre, en colonie, principalement sur des îles et des îlots. En France, l’espèce est essentiellement présente sur la côte méditerranéenne, en Camargue et sur les îles de Marseille. Sur ces îles, elle constitue l'espèce nicheuse la plus représentée dans le paysage tant par ses effectifs (23 000 couples en 2005) que par son activité. La surabondance des goélands sur les îles est à l’origine d’une grave perturbation du fonctionnement de l’écosystème insulaire. La population marseillaise de Goéland leucophée représente prés de 50% des effectifs nationaux, soit presque 10% de la population mondiale.
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Espèces rupestres

Le Faucon pèlerin
(Falco peregrinus)

Prédateur, considéré comme un des plus rapides du monde, le Faucon pèlerin est un spécialiste de la chasse aux oiseaux. La population des Bouches-du-Rhône de ce prestigieux rapace se résume à 12 couples confinés au littoral rocheux, où il est partiellement sédentaire et niche dans les falaises maritimes.
Rapace diurne, fragile et protégé, Il trouve sur les îles de Marseille un important site de passage d’oiseaux migrateurs et donc un garde-manger inépuisable. C’est probablement pourquoi cette espèce y est représentée par cinq couples.
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Le Grand-duc d’Europe
(Bubo bubo)

Rapace nocturne particulièrement imposant et facilement reconnaissable grâce à ces grands yeux rouge-orangé et ces longues aigrettes, le Grand-duc niche principalement sur substrat rocheux, généralement au niveau de vires rocheuses. Les Bouches-du-Rhône héberge un minimum de 120 couples de ce hibou sédentaire et territorial. Sur les îles de Marseille, il n’est actuellement présent que sur l’archipel de Riou. Essentiellement prédateur de lapins, rats et goélands, il lui arrive également de s’attaquer aux puffins.
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Le Choucas des tours
(Corvus monedula)
De la famille des corbeaux ou des pies, dont il est le plus petit représentant, le choucas se distingue dans le ciel des îles par son plumage noir, sa tache grise sur la nuque et ses yeux clairs. Oiseau sociable, vif et bruyant, il niche en petites colonies et recherche sa nourriture en groupe. Le Choucas des tours est régulièrement observé sur les archipels marseillais où il se reproduit en grand nombre dans les falaises des grandes îles.
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Le Martinet pâle
(Apus pallidus)
Cousin du Martinet noir, que l’on observe en été dans le ciel de nos villes, le Martinet pâle s’en distingue, comme son nom l’indique, par son plumage d’un brun plus pâle et sa tâche blanche sur la gorge.
Ce grand migrateur insectivore, qui hiverne en Afrique tropicale, vient se reproduire le long des côtes méditerranéennes où il niche, en colonie, dans les anfractuosités des falaises côtières.
Dix colonies sont actuellement recensées au Frioul et une vingtaine sur l’archipel de Riou.

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La Chevêche d'Athéna
(Athene noctua)

Petite chouette à la tête plate et ronde, et aux yeux jaunes, elle était dans l’antiquité l’emblème d’Athéna, déesse de la sagesse et de la science, d’où son nom. Ce rapace nocturne se nourrit essentiellement de petits vertébrés et d’insectes et niche sur les îles en falaises, à même le sol dans des cavités.
Alors que l’espèce connaît une régression importante sur l’ensemble de son aire de répartition, un minimum de cinq couples, est présent sur le Frioul et un nouveau couple se reproduit depuis deux ans sur l’archipel de Riou. Les archipels marseillais représentent ainsi les seules îles de la région méditerranéenne française où niche cette espèce, renforçant le caractère patrimonial de cette population insulaire.

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Le Faucon crécerelle
(Falco tinnunculus)

Petit faucon très commun au corps roussâtre moucheté de noir, avec la tête et la queue bleu-gris chez le mâle, il est particulièrement identifiable à sa façon de voler sur place dans la position dite du « Saint-Esprit ». Sur les îles de Marseille, où un minimum de quatre couples nicheurs est présent, il se reproduit dans des parois rocheuses et se nourrit essentiellement d’insectes et de lézards.
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Le Monticole bleu
(Monticola solitarius)

Entièrement bleu et de la taille d’un merle, d’où son autre nom de « Merle bleu », ce petit oiseau apprécie les secteurs rocailleux ensoleillés, les ruines et les côtes rocheuses. Espèce méridionale par excellence, il niche dans des anfractuosités rocheuses et est régulièrement observé en train de voler nerveusement dans les rochers en quête d'insectes ou posé en évidence sur les crêtes
Sept couples ont été recensés sur les archipels marseillais dont trois au Frioul et quatre sur l’archipel de Riou.

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Le Martinet à ventre blanc
(Tachymarptis melba)
Le Martinet à ventre blanc ou Martinet alpin est le plus grand des martinets d’Europe. Il est reconnaissable à son imposante envergure (par rapport aux autres martinets) et à son ventre blanc pur. Oiseau migrateur qui part hiverner en Afrique australe, il niche en colonie sur les parois rocheuses ou les falaises littorales, dans des nids similaires à ceux des hirondelles. Ces courtes pattes et ses longues ailes l’empêchant de marcher, cette espèce ne se pose qu’à de rares occasions et uniquement en falaises. Elle passe donc la majeure partie de sa vie en l’air ayant même appris à se reproduire et se nourrir en vol.Sur les îles de Marseille, six colonies sont présentes, soit une soixantaine de couples.

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Espèces des Garrigues

Le Rouge-queue noir
(Phoenicurus ochruros)
Le Rouge-queue noir, qui doit son nom à la couleur rouge-orangée de sa queue, est un petit oiseau de la taille d’un Rouge-gorge qui affectionne particulièrement les secteurs de rocailles et les vieux murs en pierres sèches pourvus de nombreuses anfractuosités. Oiseau terrestre qui bouge en permanence, on l’observe souvent perché sur des sites exposés, debout bien droit et agitant sa queue de façon saccadée. Il est régulièrement observé dans les petites falaises des deux archipels marseillais

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La Fauvette mélonocéphale
(Sylvia melanocephala)
Cette fauvette qui doit son nom au capuchon noir anthracite qu’arbore le mâle est également reconnaissable à l’anneau rouge carmin qui lui cercle les yeux. Espèce méditerranéenne aimant la chaleur, elle niche dans les zones buissonnantes des garrigues et maquis. Ce petit oiseau furtif et territorial est assez difficilement observable. Il ne se perche que brièvement avant de plonger dans la végétation. Sur les îles de Marseille, on la trouve en abondance dans les fourrés denses de lentisques où elle installe son nid et se met volontiers à l’abri.

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Le Moineau domestique
(Passer domesticus)

Si connu qu’il n’est pas nécessaire de le présenter, le Moineau domestique est l’un des oiseaux les plus communs d’Europe.
Sur les îles de Marseille, on ne le retrouve que sur le Frioul, autour des habitations du village.

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Espèces de passage
Parmi celles-ci, deux espèces hivernantes s’avèrent particulièrement intéressantes 

Le Crave à bec rouge
(Pyrrhocorax pyrrhocorax)
Grand oiseau noir de la famille des choucas et des corbeaux, le Crave à bec rouge se caractérise, comme son nom l’indique, par un bec rouge qui est recourbé ainsi que des pattes de cette même couleur. Cette espèce de haute montagne se reproduit principalement dans les reliefs alpins, à proximité de pâturages, mais hiverne sur les îles.
Oiseau grégaire, les craves forment des groupes pour se nourrir. En hiver, il est donc possible d’observer, sur les îles, de grands rassemblements pouvant regrouper jusqu’à 150 individus se nourrissant d’invertébrés sur les pelouses littorales.

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Le Tichodrome échelette
(Tichodroma muraria)

Petit oiseau montagnard aux larges ailes arrondies marquées de grandes taches rouge-carmin et pourvu d’un long bec fin, légèrement courbé, caractéristique des insectivores, le tichodrome est un visiteur hivernal des îles de Marseille. Cette espèce niche essentiellement au cœur des massifs alpins et pyrénéens, dans les falaises et les parois escarpées.
Peu farouche et solitaire, il se fond facilement avec son environnement lorsqu’il est posé mais peut être observé si l’on scrute attentivement les falaises qu’il arpente à la recherche de nourriture